前面我们对国内的反腐行动进行了着重介绍。地方上正在继续深入持久的进行打击“新黑五类”犯罪活动，为了故事情节的需要，对于军队的情况一直没有触及。但是在此期间军队的变化是巨大的。话分两头，让我们将视线从地方各级政府的反腐行动，转移到我们人民军队的身上来。
2006年3月中共“两会”结束后，在李文军的建议下首先对军委班子进行了调整，紧接着就开始对军队进行了大清洗、大整顿。2006年5月，经过重组新的军委常委组成人员如下：
李文军 军委主席
张卫民 军委副主席
于定国 国防部长
于鸿飞 总参谋长
姜成敏 北京军区司令员
张文良 沈阳军区司令员
杨光烈 济南军区司令员
王玉梁 南京军区司令员
李新台 广州军区司令员
陈德清 成都军区司令员
任海潮 兰州军区司令员
杜文斌 第二炮兵司令员
上述人员中最大的变化是由原38军军长姜成敏接任北京军区司令员。另外为了下一步反腐行动的顺利进行，李文军学习当年毛主席的办法，以人员交流的借口，将7大军区的司令员进行了平级调动。其实是借此机会巩固自己在军队的地位，防止这些地方大员们有所企图。由于另一位军委副主席王兆国出事，还没有替补。军委的日常工作全部落在了张卫民一个人身上。为了减轻他的负担，由原副参谋长于鸿飞接替参谋长职务，张卫民不在兼任。
2006年6月，在人员到位后新的军委常委召开了第一次常委会。由李文军主持会议，开始布置在军队内部的反腐整顿活动。采取的办法和地方上的大同小异，首先从各位常委开始，并且限期一个星期交代问题。在一个星期内主动交代的既往不咎，也不追查责任。隐瞒妄图蒙混过关的，和地方一样按照反腐十条执行。后来军队内部参照地方上的反腐情况制定了《中国人民解放军腐败惩治条例》，并且针对军队的实际情况还作出了特殊规定。例如同等罪行，军衔越高惩罚越重等等。
由于有了地方做榜样（此时地方已经开始大规模枪决犯罪分子了，北京从4月底就开始大规模枪毙犯人了，这时国内的反贪气氛已经很浓了），这些高官将军们谁也不敢轻视大意了，会议一结束各自返回驻地准备了。在对他们逐一过堂审查之后，紧接着又召开了军委扩大会议，参加的除了上面的人以外，又增加了解放军四总部、海军司令部、空军司令部、武警部队的头头脑脑们。在这次会议上全面铺开了打击军队内部腐败活动的序幕。军委扩大会议通过了军队整顿的方案，要点如下：
1.在全军范围内全面打击贪污腐败活动。惩治标准参照地方规定执行。明确规定军官贪污按军衔高低加重处罚，职务越高惩罚越厉害。
2.在全国试行职业军人制度。全军逐步实行职业化管理。
3.所有的军人按照公务员管理，提高军人收入，待遇同地方公务员标准。
4.时机成熟开始进行兵种调整，提高高技术兵种的比例，对于特殊兵种注重学历要求。
5.在整顿期间，由总参牵头负责重新考核各部队主官的军事素质，并根据考核结果重新授衔任命职务。不合格的根据考核结果予以降级使用或劝退处理。
6.对部队各级军官的年龄重新作出限制，为大批青年军官走上岗位创造条件。对于超龄服役的军官要求转预备役或干脆退役。并在退役时进行一次性经济补偿。
7.国家成立专门的军事保险基金，为现役的所有官兵提供保险。
8.对各类军校进行整顿，取消军校内一些不合时宜的学习科目。大幅度增加太空作战方面的理论课程和训练计划。
9.要求全军所有现役人员尤其是军官，积极到军队内部长城网上参加网络游戏“太空争霸”。并规定在网上的成绩，将作为以后职务晋升的一个参照标准。这个游戏是远景公司仿真太空作战开发的，里面所有的作战武器基本都是真实的。为了考核方便，为每个上网的军人都设立了一个帐号，并记录每个人的成绩。每个人初始等级都是列兵，最高等级为元帅。当积分达到要求时就升级，积分下降就降级。不过大家都认为这是游戏，并不知道是仿真的，只有军委常委的几个人才知道真实情况，不过也对此保持怀疑，主要是武器太先进了，毕竟大家都没有见过。直到年底换装开始时，大家才大吃一惊也更增加了各部队对游戏的兴趣，因为和真实战争没有任何区别。后来各部队还经常用此游戏在网上进行军事演习，取得了意想不到的效果，即省钱由省事。还借此发现了不少优秀的指挥人才。作出此规定的目的就是训练军队各级指挥员的指挥能力。目前这个游戏只限定在军队内部的网上供官兵们使用，还没有推向社会。
10.取消部队的各种经商行为。所属各种企业和经营部门全部移交给地方或部队独立，与部队脱钩。并规定凡是以后任何部队再有经商行为一律以贪污罪追究该部队最高领导的刑事责任。另外地方部门有权举报部队的经商行为，一经举报属实则所涉及单位移交举报的地方管理。
11.取消部队的各种体育、新闻、宣传（只保留少量战场宣传部门）、写作等等各种与军事无直接关系的单位。一些科研单位则独立。部队只负责打仗，其余的由国家专业部门负责。
12.在全军范围内开展大练兵、大比武活动。全面提高部队的军事素质。对于不合格的士兵一律限期勒令退伍。
会议一结束，各军区和司令部就开始全面向部队传达中央军委的文件精神。迅速在各部队引起了不小的轰动。
为了反贪的方便，经过人大批准，在各大军区和空军、海军司令部设立了临时检察院和法院，专门对军队内部的各种犯罪活动进行审判，加快对犯罪分子的惩罚速度和力度，还可以防止军队内部底包庇行为。地方上在反贪活动中，对各地的人员进行了紧急调整，最厉害的是对各省的检察院、法院、公安局人员进行交流，几个省的人员进行互换，不仅领导互调，对于中层干部也进行互调。有些甚至是从北方调到南方，大家互不相识也就没有了利益关系的可能，有效的防止各省公检法部门与行政部门串通一气，何况此时公检法已经从政府中脱离了。在调动期间不服从命令的立即就地免职，而且根据要求往往是早晨宣布命令，下午就要报道，超过时间就要降级或免职。不给你任何销毁罪证的时间。这次在部队设立的检察院、法院的人员全是从地方抽调的，与军队现役人员无关。
行动首先对军级以上干部进行逐一过关，然后在各个集团军（或军级单位）临时设立反贪领导小组，对各部队的官兵进行自上而下的审查。为了保持部队稳定，部队的反贪和地方是有一些区别的，规定在自首期限（2006年7月的一个月内）内自首的，不论数额大小，只要足额上缴赃款，并认真配合反贪领导小组交代问题的，一律不在追究刑事责任，但是全部开除军籍回家，但是就这样还是有大批妄图蒙混过关的蛀虫落网。另外根据实际情况对于连带责任和领导责任的追究也要比地方上轻。对于知情不报的惩处也和地方有所区别，主要是勒令回家，并在其所在地区的媒体予以公开曝光。并且规定这种情况，退伍后不享受国家规定的任何退伍军人的待遇。
另外为了防止反贪活动扩大化，让一些别有用心的者利用反贪的机会打击报复和自己有矛盾的人。规定举报要有证据，否则算诬告，三次以上勒令退伍并追究刑事责任。此时由于地方上的反贪日益深入，为了防止此类事件的发生，也作出了类似的公告。另外对匿名信的处理也作出了明确规定，国家不鼓励也不反对以匿名信的方式进行举报，但是必须有证据随匿名信，否则算捏造，反贪小组不予受理。对于凭空捏造、伪造证据的以诬告罪追究刑事责任。此时地方上已经出现了借国家反腐名义对平时与自己不和者打击报复的苗头。此条的及时出台对防止反腐扩大化、政治化、运动化起到了重要的作用。
由于此时地方上的反贪行动声势浩大，关于反贪的各种报道可以说是铺天盖地，新闻、报纸等各种媒体到处充满的此类报道，尤其是中央电视台每天报道枪毙贪污分子的苏联更是震撼人心。中央电视台的每天不间断的报道，以及每天不断增长的枪毙数目，再加上自首期内优惠的政策使得军队内部的肃贪要比地方开始的时候容易多了。为了保住脑袋很多人走上了自首、自新的道路。在2006年7月自首期内，全军有1万余人走进了反贪领导小组，根据他们的交代，反贪小组由掌握了大量的资料。
2006年8月自首期一过，那些心存侥幸的人的噩梦来了。有了龙平华提供的那些资料再加上他的那些“特殊”反腐手段，蛀虫根本无处可逃。可以说妄图蒙混、犹豫不绝就是在家等死。很快大批的蛀虫落入发网，地方上的一幕幕镜头开始像放电影一样在部队中重现，有些行为甚至有过之而无不及。各种豆腐渣工程层出不穷，严重的危害了国家的安全。在肃贪行动中还发生了卷款逃往海外的情况，其中有一些还是少将以上军衔的人，成了解放军的耻辱。停止经商就象搬开一块石头，搬开之后才发现下面藏著些什么。大规模的反贪行动将军队中的违法犯罪活动活生生的暴露在官兵们的眼前。以前我们的一些领导为了维护军队在人民群众中的形象，还大肆隐瞒一些事实，但是这样做适得其反，反而助长了某些人的气焰。在反贪行动中发现，由于人事制度上存在的种种问题，引发了大量的腐败现象，有的地方和单位机构编制管理混乱，擅自增加编制或突破编制增加人员；有的录用或选拔干部违反规定，凭领导个人好恶用人，拿党的原则送人情；有的通过制造“假档案”、“假学历”、“假身份”，将一些不具备条件的人塞进干部队伍。“跑官要官”、“买官卖官”、拉票贿选现象时有发生。影响极坏，损害了党和政府的形象，腐蚀了干部队伍，广大官兵对此深恶痛绝。
干部人事工作中的不正之风和腐败现象，不仅影响干部人事工作，而且也是造成其他腐败的重要原因之一。后来针对这种情况，各级人事部门学习了地方做法，实行政务公开；各级部门着力精简机构，开展竞争上岗，实行任前公示，让干部“能上能下”，彻底解决干部人事工作中的腐败源头。
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